Дар таърихи халқҳои Мовароуннаҳру Хуросон асри XVI авва лин асрест, ки таназзули феодализм дар қаламрави мазкур шиддат мегирад. Заминаҳои ин таназзул нисбатан пештар оғоз гардида буд, зеро пас аз вафоти Темур (1405) меросхорони ӯ барои соҳиб шудан ба тахт сар бардошта, ба оромии мамлакат халал ворид мекарданд. Баъдтар империяи Темуриёнро туркҳои бодиянишин бо сарварии Муҳаммади Шайбонӣ барҳам доданд. Муҳаммад Шайбонихон соли 1500 Самарқанди бостониро тасарруф намуд. Тули 5 сол, яъне то соли 1505 ӯ тамоми қаламрави Мовароуннаҳрро таҳти назорати худ гирифт. Ҷангу низоъҳои пай дар пай, тохтутозҳои мунтазам, ман сабхоҳию ҷоҳталабиҳо қаламрави Хуросону Мовароуннаҳрро басо харобу заиф намуда буд. Хоҷагии халқ пас мерафт, зеро низоъҳои қаламравӣ, кашмакашҳои дохилӣ низоми инкишофи ҷамъиятро вай рон менамуд. Табақаҳои заҳматкаши аҳолӣ бештар ва ҳамаҷониба зарар медиданд.
Охирин намояндаи Темуриҳо – Султон Ҳусайн Бойқаро соли 1506 вафот кард. Ду писари Султон Ҳусайн ҳангоми ҳамлаи Шай бонихон шаҳри Ҳиротро ҳимоя кардан натавонистанд. Дар натиҷа, Шайбонихон соли 1507 Хуросонро низ забт намуд ва ҳокими Мова роуннаҳру Хуросон гардид.
Соли 1512 нооромии гӯшношуниди дигар рух дод. Шоҳ Исмои ли Сафавӣ Ҳиротро ишғол намуда, то интиҳои садаи XVI низоъҳои сиёсӣ ва мазҳабӣ ниҳоят тезутунд боқӣ монданд. Соли 1513 Исмоили Сафавӣ ба Мовароуннаҳр ҳамла кард, вале чандон муваффақ нашуд. Танҳо пас аз вафоти Шайбонихон то соли 1598 (наздик ба 90 сол) ҷо нишинҳои ӯ давлатдорӣ карда бошанд ҳам, комилан комёб нашуданд.
Хони бообрӯ – ҳокими Бухоро – Убайдуллоҳхони Шайбонӣ баҳри озод кардани Хуросон аз Сафавиҳо шаш дафъа лашкар каши да бошад ҳам, бенатиҷа анҷомид. Танҳо дар замони Абдуллоҳхон (1557-1598) ба ӯ муяссар гардид, ки як андоза муттаҳидии хонҳои ӯзбекро таъмин кунад, зеро ҳам Хуросон ва ҳам Хоразм ба давлати хонӣ муттаҳид карда шуданд. Вале пас аз вафоти Абдуллоҳхон қув ваҳои марказгурез аз нав сар бардоштанд ва ҳукумати Шайбониҳо ба ҳамин восита аз арсаи таърих рафт.
Яке аз ҳодисаҳои ниҳоят даҳшатбори аср низоъҳои мазҳабӣ ба шумор меравад. Дар қаламрави Мовароуннаҳру Хуросон баробари ҳуҷуми Шоҳ Исмоили Сафавӣ муборизаҳои тезутунде миёни шиаҳо ва сунниён сар зад. Ҳодисаҳои мазкур аз он сабаб ҳам буд, ки Исмо или Сафавӣ худро вориси мазҳаби шиа эълон карда, баҳри ривоҷи он дар байни мардум тавассути қатлу ғорат ниятҳои дигари худро низ амалӣ менамуд. Дар асл ҳадафи ин сиёсатмадор васеъ намуда ни ҳудуди давлат ва сарзамини худ аз ҳисоби мамолики обод ва ба даст овардани сарват буд. Ин низоъҳои мазҳабӣ амалан то охирҳои асри XVI идома ёфта, боиси харобиҳои гӯшношуниди Мовароун наҳру Хуросон гардида буд. Ҳатто ду тан суханвари машҳури ин давра – Мавлоно Бадриддини Ҳилолӣ ва Камолиддини Биноӣ қур бони ҳамин гуна низоъҳои мазҳабӣ шудаанд. Аз тарафи дигар, яке аз сабабҳои ҷудоии Мовароуннаҳру Эрон ҳамин моҷароҳои сиёсию мазҳабӣ гардида буд.